http://www.asahi.com/national/update/0721/TKY200607200618.html
その頃、別の側近はこんなことを語っていた。「政治家から先の大戦を正当化する趣旨の発言があると、陛下は苦々しい様子で、英米の外交官の名を挙げて『外国人ですら、私の気持ちをわかってくれているのに』と嘆いておられた」
Ａ級戦犯合祀は、自らのこうした戦争の「つらい思い出」と平和への「強い考え」を理解していない、との天皇の憤りを呼んだことをメモは裏付けている。
開戦、敗戦に至る経緯や、「聖断」当時の状況を見れば、上記のような昭和天皇の述懐には容易に納得できるものがあります。
昭和天皇がこう思っていたからこうすべきだ、という、単純な論法もどうかと思いますが、天皇を尊崇する神社であれば、まず、天皇のご意向というものをよく考えてみるのは当然のことでしょう。
形の上では天皇尊崇をうたいながら、肝心なところで天皇の大御心に背いているようでは、国民の納得も得られないと思います。
追記：
http://www.jinjahoncho.or.jp/honcyo/katudou.html
神社本庁のサイトの中の、「神社神道の宣布」を見ると、「敬神生活の綱領」中に、「大御心（おおみこころ）をいただきてむつび和（やわ）らぎ、国の隆昌（りゅうしょう）と世界の共存共栄とを祈ること」とあります。
