http://www.yomiuri.co.jp/main/news/20041216it08.htm
長谷川憲一裁判長は「結果と手段が平穏な生活を侵害したとは言い切れず、プライバシー侵害の程度は低い」として、無罪（求刑・懲役６月）を言い渡した。
これだけでは無罪理由がわかりかねますが、刑事法の世界では、「可罰的違法性」という考え方があり、処罰に値するだけの違法性（可罰的違法性）がない、として、無罪になったのかもしれません。
住居侵入罪の成否については、住居の平穏を害したかどうかを基準にする考え方（どちらかというと実質説）と、管理者の意思に反したかどうかを基準にする考え方（どちらかというと形式説）があり、後者が判例のはずです。検察庁も、後者の考え方に立って起訴したのでしょう。
後者の考え方に立つと、「管理者の意思に反した立ち入り」行為があれば、犯罪成立とされやすい面があります。
しかし、後者の考え方に立っても、違法性のレベルで、「管理者の意思には反しているが可罰的違法性がない」として、無罪になる余地はあるでしょう。
前者の考え方から無罪になった可能性があり（記事の内容ではそういう印象を受けます）、また、別の可能性として、「管理者の意思に反しているという認識、認容がなかった」、つまり、犯罪の故意がなかった、として、無罪になった可能性もあると思います。
判決の内容を是非見てみたいと思います。
追記
http://flash24.kyodo.co.jp/?MID=RANDOM&PG=STORY&NGID=main&NWID=2004121601001528
東京地裁八王子支部の長谷川憲一裁判長は１６日「刑罰に値する違法性はない」として、懲役６月の求刑に対し無罪を言い渡した。
判決理由で長谷川裁判長は「ビラの投かんは、憲法２１条の保障する政治的表現活動であり、いきなり検挙し刑事責任を問うことは、憲法の趣旨に照らし疑問」と述べた。
この記事から見ると、可罰的違法性の問題とされている印象を受けます。
