https://headlines.yahoo.co.jp/hl?a=20170819-00000003-mai-soci
関係者によると、両容疑者は容疑について黙秘を続けているという。
府や市の調査で、学園が勤務実態のない教員が在籍しているように装った書類を作ったり、障害に関する園児の診断書を偽造したりした疑いが発覚した。
詐欺罪は、相手を欺いたかどうかという客観面は様々な証拠で立証できるものですが（そこが立証できないようであればそもそも詐欺を問題にできないでしょう）、主観面での犯意（詐欺であることを認識、認容していること）や共犯事件であれば共謀といったことは、自白がないと外堀から内堀へと埋めるように、状況証拠を駆使した立証に依らざるを得なくなりやすいものです。それなりに手間がかかります。そういう場合は、事件単位で複数の逮捕、勾留を重ねて（その間の処分は保留にしておいて）、最終的に一括で処分を決める（併せて一本という感じで一括起訴し、難しい一部の事件は不起訴にする）という進め方になることが多いものです。
証拠関係を見ていないのであくまで推測ですが、被疑者らの認否は黙秘ということですから、そういう進め方がされている可能性はあると思います。
財務局関係の背任よりも、身柄になっている詐欺のほうを先に処理して、という状態に、おそらくなっていることでしょう。
