http://headlines.yahoo.co.jp/hl?a=20060427-00000012-yom-soci
証拠関係を見ていないので、あくまで推測ですが、弁護団が、堀江被告人以外の共犯者による犯罪行為の存在自体は争わず、共犯者と堀江被告人の間の「共謀関係」や、堀江被告人自身の実行行為（があるとして）の不存在、といった点に争点を絞り込んだ可能性が高いと思います。
そういった争い方をするのであれば、検察官請求証拠の、かなりの部分が被告人・弁護人の同意の下で取り調べられることになり、主として共犯者（堀江被告人と共謀するような立場の人は、それほど多数にはのぼらないでしょう）の証人尋問と被告人質問を行って結審という、シンプルな審理にすることも可能でしょう。
そこに、新たな「公判前整理手続」が行われることにより、そこで出なかった主張や証拠は、公判での提出が原則として大きく制限される、という仕組みになっていることで、全体として、裁判所が、罪証隠滅の恐れが大幅に低下し、裁量保釈を認めてもよい、という判断に至った可能性が高いように思います。
追記：
実務で、特に第１回公判前で、罪証隠滅の恐れ自体が認められない、というところまで裁判所が踏み込んで認定できることは、ゼロとは言いませんが、極めて稀ではないかと思います。
したがって、通常は、裁量保釈というケースが多い（むしろそれが普通）と思います。
堀江被告人の場合も、罪証隠滅の恐れ自体がない、とは言いにくいと思われ、おそらく裁量保釈が認められたものと推測されます。
