首相、関与否定の上申書を提出 憲政史上異例、虚偽記載問題で

http://www.47news.jp/CN/200912/CN2009122101000164.html

現職首相が捜査機関に上申書を提出するのは憲政史上、極めて異例。

首相が出すからといって、「下申書」というわけにも行かないですよね(苦笑)。
上申書、というのは、やや古めな表記で、被疑者・被告人、弁護人と検察官は対等、という観点から、最近はこの表現を使わない、というケースのほうが多いかもしれません。弁護人が作成するなら申入書、通告書、被疑者・被告人が作成するなら陳述書、といった表記が多いような印象はあります。
私の場合は、古いものと新しいものを使い分けているので、上申書、のほうが座りがよければ使うこともあります。ケースバイケースですね。