http://headlines.yahoo.co.jp/hl?a=20090416-00000606-san-soci
吉村長官は「無罪判決の理由は、被害に関する供述には疑いを入れる余地があるというもので捜査にストレートに影響するとはいえない」とする一方、「痴漢は目撃者の確保などの面で捜査が難しく、警察庁として捜査の現場がどうなっているか、警察本部や署と認識を一致させる必要がある」と述べた。
ストレートかどうかはわかりませんが、捜査にかなり影響はあると思いますけどね。
私が、捜査全般に影響を及ぼすことができる立場であれば（しがない弁護士なので、何の影響力もなく何の役にも立てませんが）、
１ 住居が安定し定職についているような被疑者については、原則、在宅捜査とし、供述強要につながる身柄拘束は避ける
２ 被疑者が当初から具体的に自白している場合を除き、捜査の初期の段階で、繊維鑑定やＤＮＡ鑑定など、被疑者が犯行に及んだかどうかを客観的に明確にできる証拠化を行うこととし、そういった捜査自体を怠っている場合は起訴しない取扱いとする
３ ２の捜査で犯行が裏付けられない場合、安易に「鑑定で検出できない場合もある」という決め付けに走らず、なぜ、そういった結果になるかについて徹底的に検証する
４ 否認事件の場合、被害者供述に基づく再現実況見分は必ず行い、可能であれば被疑者供述に基づく再現実況見分も極力行って、各供述の信用性を吟味できる証拠化を行う
５ 否認事件を起訴するに当たっては、検察庁における決裁時に、決裁官も記録を検討し慎重の上にも慎重を期する
といったことが必要である、という意見を述べるでしょう。
冤罪を生まないための効果的な方法の一つは、検察庁が証拠を慎重かつ徹底的に吟味することであり、その責任には重大なものがあるのではないか（検察庁だけが責任を負う問題でもありませんが）と思います。
