http://www.asahi.com/national/update/0116/TKY200601160226.html
ライブドア 証取法違反で捜索（NHK)
http://www3.nhk.or.jp/news/2006/01/16/k20060116000118.html
ライブドア、M＆Aに絡む風説の流布の疑いで強制捜査へ
http://japan.cnet.com/news/biz/story/0,2000050156,20094474,00.htm
東京地検、証券取引法違反容疑でライブドアを捜索へ
http://www.nikkei.co.jp/news/main/20060116NTE2INK0616012006.html
ライブドア：証取法違反容疑で強制捜査へ 東京地検
http://www.mainichi-msn.co.jp/today/news/20060117k0000m040013000c.html
証券取引法違反容疑、ライブドアを捜索へ
http://www.yomiuri.co.jp/national/news/20060116it12.htm?from=top
容疑は「風説の流布」ということですが、以前から、証券取引等監視委員会が長期的に内偵を続けていた可能性が高いでしょう。
検察庁の通常の人事異動は４月１日付けであり、３月末までで東京地検特捜部の陣容も大きく変わりますから、その前に、同委員会と合同で、一気に強制捜査をやってしまおうという流れである可能性が高いと思います。
一般的には、
１ 関係場所の一斉捜索・差押
２ それほど間をおかずに、関係者の一斉取調べ
３ 逮捕・勾留
（起訴・不起訴の見通しもつけつつ、証券取引等監視委員会による告発）
４ 起訴・不起訴の決定（特捜部が身柄を取る以上、主要な被疑者は当然起訴される）
という流れになる場合が多いと思います。
どこまで事件が伸びて行くのか、当面、緊迫した状況が続くとともに、ライブドア自体に対する影響がどこまで出るか、同社がどこまで持ちこたえられるかが問題になると思われます。
この種の事件で、立件、強制捜査に至るものは、捜査・調査の対象になる中では、ごく一部であり、東京地検特捜部が動いてガサ（捜索・差押）まで行うということは、事件性が十分ある、という確固たる判断に基づいていると見るのが自然です。
追記：
ライブドアを強制捜査、関連会社が虚偽公表で株価操作か
http://www.asahi.com/national/update/0116/TKY200601160226.html
粉飾決算の疑いもあるようですね。
